高效性：能在同一PCR反應管內同時檢測多種病原微生物，或對有多個型別的目的基因進行分型，特別是用一滴血就可以檢測多種病原體；

 

　　系統性：很適合對成組病原體的檢測，如肝炎病毒，腸道致病性細菌，性病，感染性細菌等；

 

　　經濟便捷性：同時檢測多種類型的病原可大大節省時間，節省成本，減少實驗的復雜性。

 

　　多重PCR設計引物應遵循以下原則：

　?、僖镩L度：15-30bp，常用為20bp左右。

 

　?、谝飻U增跨度：以200-500bp為宜，特定條件下可擴增長至10kb的片段。

 

　?、垡飰A基：G+C含量以40-60%為宜，G+C太少擴增效果不佳，G+C過多易出現非特異條帶。ATGC*隨機分布，避免5個以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。

 

　?、鼙苊庖飪炔砍霈F二級結構，避免兩條引物間互補，特別是3'端的互補，否則會形成引物二聚體，產生非特異的擴增條帶。

 

　?、菀?'端的堿基，特別是較末及倒數第二個堿基，應嚴格要求配對，以避免因末端堿基不配對而導致PCR失敗。

 

　?、抟镏杏谢蚰芗由虾线m的酶切位點，被擴增的靶序列*有適宜的酶切位點，這對酶切分析或分子克隆很有好處。

 

　?、咭锏奶禺愋裕阂飸c核酸序列數據庫的其它序列無明顯同源性。